Coordination du Système des Nations Unies
Les entités du système des Nations Unies représentées en Guinée Bissau oeuvrent de façon complémentaire en appui aux autorités nationales pour améliorer la vie de la population. Elles coordonnent leurs activités au niveau du pays dans les domaines de la programmation, de l'administration et de l'information comme cela est préconisé dans la réforme du Secrétaire général.
Les agences du système des Nations Unies harmonisent leur cycle de programmation à compter du 1er janvier 2003. Pour s'y préparer, elles ont réalisé un Bilan Commun de Pays (CCA) ainsi qu'un Plan cadre des Nations Unies pour le Développement (UNDAF), et ce en liaison étroite avec le Gouvernement.

Un des Mécanismes de coordination sont les groupes de travail inter agences dont la participation est ouverte a toute la société, inclusivement au gouvernement et a les ONG. Jusqu'à la fin de 2005 les groupes de travail sont les suivants :
Groupe thématique sur le développement rural et sécurité alimentaire
Président: FAO
Membres: FAO, OMS, PAM, UNDP, Gouvernement, Civil Society
Groupe thématique sur l’éducation
Président: PAM
Membres: PAM, PNUD, UNFPA, UNICEF, Ministère de l’éducation, CSOs, Gouvernement.
Groupe thématique pour la surveillance des OMD
Président: PNUD
Membres: UNOGBIS, FAO, OMS, PAM, PNUD, UNFPA, UNICEF, FMI, Banque mondiale, Gouvernement, CSOs
Comité Inter-agence sur la santé
Président: OMS
Membres: Banque mondiale, FAO, OMS, PAM, PNUD, UNFPA, UNICEF, Gouvernement
Groupe thématique sur le VIH/SIDA
Président: UNICEF
Membres: Banque mondiale, FAO, OMS, PAM, PNUD, UNFPA, UNICEF, UNOGBIS, Gouvernement
Groupe de travail de préparation de réponse à l’urgence
Président: PAM
Membres: UNOGBIS, FAO, OMS, PAM, UNDP, UNFPA, UNICEF, OIM, ONG International, PLACON (Plateforme des ONG Nationaux)
Taskforce on CEDAW and its Optional Protocol
Co-Presidé par: Institut de la femme et de l’enfant IMC)/ RC Office
Membres: UNOGBIS, PNUD, UNFPA, UNICEF, National NGOs, IMC
Comité de communication des Nations Unies
Président: PNUD
Membres: UNOGBIS, FAO, OMS, PAM, PNUD, UNFPA, UNICEF
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